中共中央、国务院印发的《海南自由贸易港建设总体方案》(以下简称《总体方案》)指出，2025年前，适时启动海南全岛封关运作，建设海关监管特殊区域。
《总体方案》指出，海南自贸港建设有五大基本原则：借鉴国际经验、体现中国特色、符合海南定位、突出改革创新、坚持底线思维。
海南自贸港的实施范围为海南岛全岛。到2025年将初步建立以贸易自由便利和投资自由便利为重点的自由贸易港政策制度体系，到2035年成为中国开放型经济新高地，到本世纪中叶全面建成具有较强国际影响力的高水平自由贸易港。
在制度设计方面，《总体方案》对贸易自由便利、投资自由便利、跨境资金流动自由便利、人员进出自由便利、运输来往自由便利和数据安全有序流动均作出详细安排，将实施跨境服务贸易负面清单制度，对外商投资实施准入前国民待遇加负面清单模式等管理。
在税收制度方面。按照海南自由贸易港建设的不同阶段，分步骤实施零关税、低税率、简税制的安排，最终形成具有国际竞争力的税收制度。
在社会治理方面，《总体方案》要求深化政府机构改革，推动政府职能转变，鼓励区块链等技术集成应用于治理体系和治理能力现代化，构建系统完备、科学规范、运行有效的自由贸易港治理体系。
在法治制度方面，《总体方案》表明，建立以海南自由贸易港法为基础，以地方性法规和商事纠纷解决机制为重要组成的自由贸易港法治体系，营造国际一流的自由贸易港法治环境。
《总体方案》还指出，海南自贸港要注意风险防控。制定实施有效措施，有针对性防范化解贸易、投资、金融、数据流动、生态和公共卫生等领域重大风险。
《总体方案》强调，海南是中国最大的经济特区，具有实施全面深化改革和试验最高水平开放政策的独特优势。
《总体方案》称，当今世界正在经历新一轮大发展大变革大调整，保护主义、单边主义抬头，经济全球化遭遇更大的逆风和回头浪。在海南建设自由贸易港，是推进高水平开放，建立开放型经济新体制的根本要求。海南自由贸易港将打造成为引领中国新时代对外开放的鲜明旗帜和重要开放门户。